蛋白提取
蛋白樣品提取是蛋白定量和分析的基礎。天然蛋白質分子結構、化學性能各異，選擇適當?shù)募毎呀庖褐苽涞鞍讟悠分陵P重要。選擇細胞裂解液時，除了要考慮蛋白產量，還要考慮所選擇的一抗的是否能識別線性的抗原表位。一些含有十二烷基硫酸鈉（SDS）和強離子去污劑（如脫氧膽酸鈉等）的蛋白質裂解液能夠從組織或細胞中提取出大量的蛋白質，適用于PAGE，Western blot等檢測；但由于這類裂解液易使蛋白變性，因而不適于免疫共沉淀（Co-IP）等實驗。當使用某些只能識別非變性的抗原表位的抗體時，應該選擇不含去垢劑或含有較溫和的非離子去污劑（如NP-40，Triton X-100等）的裂解液，而不能使用含有SDS和強離子去垢劑的蛋白質裂解液。
蛋白濃度測定
確定蛋白樣品濃度對許多實驗都是至關重要的。通常大多數(shù)蛋白樣品的濃度可以通過比色測定法定量。根據(jù)一些特殊化學試劑與蛋白質結合發(fā)生顏色變化的原理，使用分光光度計或酶標儀檢測特定波長下的吸光值，通過與蛋白標準品進行比較，可以換算出樣品中的蛋白含量。Bradford蛋白質定量試劑（Cat. No. E161-01）具有靈敏度高、簡便快速、價格低廉的特點；BCA蛋白質定量試劑（Cat. No. E162-01）可提供更高的靈敏度和準確性，而且不受去垢劑的影響，更適宜微量蛋白的測定。
蛋白質電泳和Western blot
蛋白質電泳是分離、鑒定蛋白質分子量和濃度的重要方法，尤其是聚丙烯酰胺凝膠電泳（Po l yac r y lamide Ge l Electrophoresis，PAGE）。丙烯酰胺和甲叉雙丙烯酰胺可聚合形成具有分子篩效應的網(wǎng)狀結構聚合物，作為電泳時的固相支持物。進行非變性PAGE（Native PAGE）時，蛋白質在電泳過程中保持完整的狀態(tài)，并依三種因素分開：分子量大小、形狀和所帶電荷。變性PAGE（SDS-PAGE）中，添加了作為變性劑和助溶劑的陰離子去垢劑SDS。SDS一方面可以打開蛋白質分子內和分子間的氫鍵，破壞蛋白質的二級和三級結構，消除蛋白質間形狀上的差異；另一方面可以和解聚后的氨基酸側鏈按比例結合，使得蛋白質-SDS復合物所帶的負電荷大大超過蛋白質本身的電荷量，消除了蛋白質間的電荷差異。因此，在SDS-PAGE中，蛋白質在電場下的遷移速率只和其分子量大小相關。
不同濃度Tris-Glycine凝膠的*線性分離范圍
免疫印跡法（Western blot）是鑒定蛋白質和多肽，以及檢測蛋白表達水平常用的手段。該技術通常是將經過PAGE分離的蛋白質或多肽分子轉移到固相載體（PVDF膜或硝酸纖維素膜）上，通過目標蛋白的特異性抗體（一抗）進行免疫反應，再與酶標記的第二抗體（二抗）反應，經過底物顯色或發(fā)光，從而檢測到特異性目的蛋白。
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